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妊娠を維持する細胞が優位になることによって、アレルギーやアトピーの症状が悪化することがあります。また逆に慢性リウマチの症状は軽減することもあります。
妊娠中には、アレルギーの原因となる「IgE抗体」を作り出す「Th2」という免疫細胞（T細胞）が優位になります。そのためアレルギーやアトピーが悪化するという妊娠初期症状が起こることがあります。
本来人間のからだは異物に拒絶反応を起こし、その存在を受け付けません。しかし胎児を許容し、さらに発育までさせるのは、母体免疫が抑制されているからと考えられます。
しかし妊娠初期段階において、夫婦間のリンパ球（白血球）の抗原を持っていると流産しやすいと考えられてます。習慣流産患者（流産を3回以上繰り返す）のHLA(主要組織適合抗原)を、調べてみると普通の夫婦よりHLAの一致率が高いことが多いようです。
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